En el año 2552, los humanos del planeta Madrigal han estado luchando por independizarse de la Tierra, pero un encuentro fatal con Alien Covenant complica las cosas. El Jefe Maestro John 117 y sus súper soldados "Spartans" se unen a la lucha. Después de la batalla, Master Chief se dirige a su planeta natal de Reach con un sobreviviente de Madrigal y un objeto misterioso que descubrió en el planeta. Pero una orden controvertida hace que John cuestione su misión y a sí mismo.

John lleva a Kwan a un viejo amigo y aprende más sobre el objeto misterioso, que el Pacto y Makee están decididos a robar. Con la creciente amenaza alienígena, la Dra. Halsey tiene un plan para lidiar con el comportamiento impredecible de John.

‎John conoce a su nuevo compañero, y descubre secretos dentro de su propia memoria. Kwan quiere regresar a Madrigal para continuar la lucha de su pueblo por la independencia, pero Soren tiene otros planes para ella. Makee inicia su plan para recuperar el objeto Madrigal, con consecuencias mortales.‎

Guiado por sus visiones, John lleva a Halsey y a Cortana de vuelta a donde todo comenzó, en busca de respuestas de su pasado. Kwan va en busca de un ejército.

Escapando y sin opciones, Kwan y Soren tienen diferencias de opinión. John hace un terrible descubrimiento.

Los supervivientes de la batalla regresan a Reach. John confronta a la Dra. Halsey. La nueva prisionera parece conocer a John mejor que el mismo.

El viaje de Kwan para descubrir el "verdadero propósito" de su familia la lleva a las profundidades de los desiertos de Madrigal. Soren se obsesiona con los asuntos pendientes.

John y Makee llegan a un acuerdo con su visión compartida. Halsey tiene una última oportunidad de salvar su misión y a sí misma. A medida que las cosas llegan a un punto crítico, todos deben elegir un bando.

Golpeado, maltratado y traicionado, John 117 lidera a los Spartans en una misión suicida para encontrar Halo y salvar a la humanidad. ¿Pero a qué precio?